Дак "бункер" или "погреб" в любом случае предполагает рыть котлован не зависимо от используемых материалов для возведения данного сооружения... Думаю достаточно будет хорошо пройтись битумной мастикой по внешнему контуру + поверх положить "экструзию"(имеется ввиду "пеноплекс" или аналоги) и в таком виде закопать.... экструзию можно даже чисто по верху положить + стены (стены 50мм, крыша 100мм), а дно не обязательно, если у вас котлован 3+ метра - дно не промерзнет, да и можете позднее "утеплить" если нужно (у контейнеров пол разбирается изнутри при желании).... Думаю "такое сооружение" простоит достаточно долго. Единственное - нужно выбирать место "повыше", чтобы иметь "сухой котлован" (уровень грунтовых вод нужно учитывать).
У меня есть наглядный пример "продолжительности жизни металла в грунте" у "престарелых родственников" - вход в погреб выполнен в виде обычной 200литровой бочки без дна вкопанной в грунт безо всяких обработок и гидроизоляций. Так вот - стоит "это дело" уже лет 30-40 и никак не развалится (хоть и бочка эта ржавая вся давно, но ни одной сквозной дыры даже нет)....
Так что на мой взгляд, "кортеновская" сталь контейнера с "дополнительным покрытием" простоит очень долго.... даже у той же "экструзии" закопанной в грунт срок эксплуатации заявляется порядка 50 лет (ее собственно так и применяют - закапывают поверх фундаментов)...
В любом случае тут требуется "тяжелая техника" - контейнеровоз для доставки, манипулятор для разгрузки и установки "по месту".... какая проблема добавить к этому списку экскаватор ? (затраты будут в любом случае) .... потому не вижу смысла в "чуть чуть присыпании лопаткой вручную" )) .... думаю за пару дней можно управиться...   1) роем котлован размером больше контейнера.  2) привозим, манипулятором сгружаем в котлован контейнер с достаточным зазором между стенами и грунтом. 3) спускаемся по лесенкам в котлован и покрываем битумом, кладем экструзию, устанавливаем трубы под вентиляцию, и др. коммуникации, 4) формируем зону "входа" (ставим временные "стенки в виде "опалубки" из досок, шифера, металла, итд.  с запасом места под установку "постоянных стенок" (если опалубка деревянная - предусмотреть возможность ее извлечения из грунта... если шифер / металл - опалубка не съемная - извлекать не требуется). 5) закапывается экскаватором.  - все.... условно "коробка" готова...
если есть средства и время "рецепт" можно дополнить предварительным бурением скважины (то есть перед рытьем котлована бурится скважина, затем вокруг нее роется котлован и контейнер с разобранным дном ставится на "скважину").... в итоге получаем скважину внутри "погреба" или "бункера" )